Beryli có thể có tác hại nếu hít thở phải. Các tác động phụ thuộc vào thời gian phơi nhiễm. Nếu nồng độ beryli trong không khí là đủ cao (lớn hơn 1.000 μg/m³), thì các chứng bệnh do phơi nhiễm cấp tính có thể phát sinh, gọi là "bệnh beryli cấp tính", tương tự như bệnh viêm phổi. Các tiêu chuẩn về không khí nghề nghiệp và cộng đồng là có hiệu quả trong việc ngăn chặn phần lớn các thương tổn phổi cấp tính.

Một số người (1-15%) rất nhạy cảm với beryli. Các cá nhân này có thể phát sinh các phản ứng viêm nhiễm trong hệ hô hấp. Các chứng bệnh này gọi là "bệnh beryli kinh niên" (CBD), và có thể xảy ra nhiều năm sau khi phơi nhiễm beryli nồng độ cao (lớn hơn 0,2 μg/m³). Bệnh này có thể sinh ra các triệu chứng như mệt mỏi, suy yếu, khó thở, biếng ăn, giảm cân và cũng có thể dẫn đến chứng to tim vè bên phải và bệnh tim trong các trường hợp nặng. Một số người tuy nhạy cảm với beryli nhưng có thể không có bất kỳ triệu chứng nào. Trong cộng đồng nói chung không có khả năng phát sinh các bệnh beryli cấp tính hay kinh niên do thông thường không khí xung quanh có nồng độ beryli rất thấp (0,00003-0,0002 μg/m&³).

Việc nuốt phải beryli vẫn chưa có thông báo nào cho thấy có các tác động xấu tới sức khỏe con người do có rất ít beryli được hấp thụ thông qua dạ dày và ruột non. Các vết loét được phát hiện trong cơ thể chó khi trong khẩu phần ăn người ta cho thêm beryli vào. Beryli tiếp xúc với da bị xước hay bị rách có thể sinh ra các vết phát ban hay vết loét.

Phơi nhiễm beryli kinh niên có thể tăng khả năng ung thư phổi.

Bộ y tế Hoa Kỳ và IARC đã xác định rằng beryli là chất gây ung thư ở người. Cơ quan bảo vệ môi trường (EPA) Hoa Kỳ cũng xác định beryli là chất có khả năng gây ung thư ở người. EPA cũng ước tính sự phơi nhiễm trong thời gian sống 0,04 μg/m³ beryli có thể tăng khả năng bị ung thư trong 1 trên 1.000 thử nghiệm.

Hiện vẫn chưa có nghiên cứu nào về các tác động của beryli tới sức khỏe của trẻ em. Có lẽ các tác động này cũng tương tự như ở người lớn. Cũng chưa rõ là trẻ em sẽ khác với người lớn như thế nào trong tính nhạy cảm với beryli.

Hiện vẫn chưa rõ ràng là beryli có khả năng sinh ra quái thai ở người hay không.

Beryli có thể được đo trong nước tiểu và máu. Lượng beryli trong máu hay nước tiểu có thể không phản ánh đúng thời gian và số lượng phơi nhiễm. Nồng độ beryli cũng có thể đo trong các mẫu thử phổi và da.

Một thử nghiệm máu khác là thử nghiệm sự gia tăng lympho beryli trong máu (BeLPT), xác định sự nhạy cảm beryli và có giá trị dự báo cho các bệnh phơi nhiễm beryli kinh niên (CBD).

Các mức thông thường của beryli mà các ngành công nghiệp liên quan thải ra khí quyển ở ngưỡng 0,01 μg/m³;, tính trung bình trong chu kỳ 30 ngày, hay 2 μg/m³ đối với không khí trong phòng làm việc trong thời gian 8 giờ làm việc.